FreeBSD-users ML で、以下のメールが流れた。
xorg の更新後の periodic
どうも、最近dailyで来るメールに、portauditの出力が2回入ってるな～と思っていたのだが、これのせいらしい。
そこで、/etc/defaults/periodic.conf を見ると以下の行があったので、

local_periodic="/usr/local/etc/periodic /usr/X11R6/etc/periodic"

/etc/periodic.confに以下の行を追加。

local_periodic="/usr/local/etc/periodic"

鶴谷さんも書いてるけど、ここはOSの/etc/defaults/periodic.confを直してもらいたいところ。
はっ、今回はmergemasterをやっていないからそのせい？と思って/usr/srcを見てみたけど、やはりまだ直っていない模様。